Bien que le département soit essentiellement salmonicole, le brochet est présent dans les zones de saligue (boisement alluvial) des parties aval des gaves, des nives et dans les barthes de l’Adour et de ses affluents, sur les parties basses.
La découverte du brochet Aquitain en 2014 par le Muséum d’Histoire Naturelle a poussé la Fédération à investiguer ces zones afin de vérifier la présence de l’espèce. Malheureusement, en raison de la dégradation des milieux et des déversements de brochets commun il ne reste plus que quelques poches d’individus de brochets Aquitain dans des milieux très isolés.
En partenariat avec le syndicat Mixte du Gave de Pau, la Fédération et les AAPPMA œuvrent pour préserver ces dernières populations. Chaque année des chantiers de restauration voient le jour afin de maintenir voire d’améliorer les habitats naturels fortement menacés par le manque de dynamisme du gave (déconnexion des zones de saligue-incision du gave-perte de mobilité).
En 2022 un petit bras du gave transformé en tonne de chasse, sur la commune de Siros, a été agrandit et reconnecter à des poches d’eau adjacentes afin de favoriser le maintien et le développement de la population présente. Un plan de gestion des dernières saligues est en cours de rédaction afin de multiplier ces travaux et d’essayer de reconnecter les populations entre elles.