Comme de nombreux cours d’eau en Gironde, la Saye a connu des curages & recalibrage de grande ampleur dans les années 80. Ces travaux ont agrandi le lit de la rivière et diminué les vitesses de courant, augmentant la température de l’eau et accélérant la sédimentation du sable notamment. De nombreux moulins, aujourd’hui non utilisés, créent de plus une succession d’obstacles à la continuité écologique. Ainsi l’état écologique de la Saye est mesuré en 2019 comme médiocre.
Le peuplement piscicole est composé d’au moins 27 espèces différentes dont principalement l’anguille, le brochet aquitain, le chevesne, le gardon, le goujon, la loche franche, la perche, le vairon ou la vandoise. Il est de qualité moyenne avec :
- Des densités trop élevées en espèces piscicoles caractéristiques des eaux lentes ;
- L’absence ou le déficit en espèces d’eaux vives attendues en l’absence de perturbation, comme le chabot ou la vandoise rostrée ;
- Une faible densité voire l’absence de certains migrateurs comme la lamproie marine ou la lamproie fluviatile.
Depuis 2018 le Syndicat Mixte d’Aménagement (SMA) de la Saye, du Galostre et du Lary mène des travaux qui permettent de resserrer le lit du cours d’eau et donc de diversifier les écoulements en créant une succession de zones de radier/mouille. Grâce au réseau de pêches scientifiques de la fédération, on observe globalement sur la Saye une amélioration de l’état des peuplements piscicoles :
- Les chabots âgés de plus d’un an témoigne d’une amélioration franche de l’habitat et de son attractivité pour cette espèce.
- L’augmentation de la densité d’anguille au niveau des banquettes minérales.
- La vandoise rostrée, espèces d’eaux vives, et la densité en espèces d’eaux lentes diminue, signes d’une amélioration de la diversité des écoulements et des habitats.
- L’amélioration de l’état global des peuplements situés en aval des anciens ouvrages bloquant, avec une baisse des densités de certaines espèces d’eaux lentes et tolérantes à des conditions physico-chimiques difficiles, comme la perche soleil et le pseudorasbora.